El complex arbre genealògic dels Anquilosaures.

L'Anquilosaure més antic que es coneix és del Juràssic inferior i els dos grups principals d'Anquilosaures: els Anquilosàurids i els Nodosàurids, ja estaven ben diferenciats al Cretaci inferior, però no se sap molt sobre aquest grup entre aquests dos extrems temporals -el Juràssic inferior i el Cretaci inferior- i desconeixem el que va succeir durant els seus primers passos evolutius. Però uns descobriments recents estan omplint aquest buit amb rapidesa.

Un dels descobriments més interessants és el del gènere Gastonia, descrit per en James Kirkland. Batejat en honor a en Robert Gaston, el seu descobridor. El Gastonia es coneix a partir de més de 1000 ossos i trossos de cuirassa recol·lectats a la formació Cedar Mountain d'Utah (E.E.U.U.), que data del Cretaci inferior. És un Anquilosaure de 6 m de llargada, molt semblant al Polacanthus, sobretot per la seva cuirassa corporal.  Però encara que el cos del Gastonia mostra trets característics dels Nodosàurids, com la cuirassa espinosa i l'absència de massa caudal, el seu cap presenta trets característics dels Anquilosàurids, especialment les banyes triangulars. Així doncs, el Gastonia no es pot assignar ni als Nodosàurids i als Anquilosàurids i devia pertànyer per tant a una altra família.

Després d'unes anàlisis recents, el paleontòleg Ken Carpenter ha classificat el Gastonia, el Polacanthus i alguns altres Anquilosaures dins d'una nova família anomenada Polacanthidae o dels Polacàntids. Segons l'anàlisi d'en Carpenter, l'evolució dels Anquilosaures va començar quan al Juràssic mitjà es van separar en tres grups: els Nodosàurids, els Polacàntids i els Anquilosàurids, els quals estan més emparentats amb els Polacàntids que amb els Nodosàurids. Si es confirma aquesta anàlisi, això voldrà dir que el Gastonia i altres troballes recents fan augmentar el nombre de branques d'Anquilosaures de dues a tres.

Esquelet de Mymoorapelta, un membre de la família dels Polacàntids, junt amb el Gastonia, el Gargoyleosaurus, l'Hoplitosaurus, l'Hylaeosaurus i el Polacanthus.